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NGS解析、苦しんでませんか?

どんどん進化するDNA解析装置。

発売当初は、「次世代DNAシーケンサ―(Next Generation Sequencer:NGS)」と呼ばれていましたが

すでに一般化。その先の次々世代、さらには超低価格のナノポア式なども出ています。


しかし、膨大に吐き出されるDNAのデータが、処理しきれない問題が発生。。





コンピュータやサーバもスゴイ勢いで進化していますが、

それを扱う科学者「バイオインフォマティスト」と呼ばれる、

生物の研究をしているんだけど、やっている事はコンピュータでのデータ処理。

というタイプの科学者が圧倒的に不足している。。。


元々、NGSは高度で特殊な機器だったので、

白衣をきて細胞を扱う科学者と、コンピュータを扱うIT系の人が

セットで運用する様な装置だったのです。。

低価格化と汎用化で、誰もが「やってみたい」と購入したものの、データが扱いきれない・・



この問題の解決について、以前「ナノポア用PC」を記事にしたアメリエフ社に聞いてみたところ

解決方法は2つ。

1)コンピュータの勉強をする

2)データ処理は外注でプロにお願いする


どちらも、対応できるとの事。



1)バイオインフォマティクストレーニング


NGSデータ解析のプロの方に、教えてもらうコース。


そもそもNGSデータ処理は、Linuxを使うのが一般的なため、

まずは、「Linux入門」からスタート



そして「R入門」

一昔前、コンピュータのプログラム言語といえば「C言語」でしたが、時代は「R言語」。

特に統計処理に向いているという「R」も教えてもらえます。



その先は、各自の実験に向いた解析方法のトレーニング。


・ゲノム上の変異を検出し、サンプル缶の遺伝子系の比較解析ができる

「Reseqの基礎」


・発現量推定や新規の転写産物の推定など、発現定量を学ぶ「RNA-seq」


・タンパク質の結合部位やヒストン修飾部位を検出し、de novoモチーフ検索をする「ChIP-seq」


 など、より具体的に現場に即したデータ解析手法を教えてくれるそうです。





いくら丁寧に教えてもらえるとはいえ、

そんな時間ない!という研究者は、(2)の外注がオススメ。


特に病院系では、DNA解析データを生で出されてもお医者さんは困るので、

どんな遺伝子があり、どんな病気で、、、など

具体的に治療方針を検討する事の出来るところまで解析が必要。

これは専門家にに任せた方が良さそうです!



これらの2つのサービス、同じ会社でやられているので、

用途に応じて使い分ける事ができそうです。 #次世代シーケンサ #遺伝子解析 #アメリエフ #ナノポア

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