NGS解析、苦しんでませんか？
どんどん進化するDNA解析装置。
発売当初は、「次世代DNAシーケンサ―（Next Generation Sequencer：NGS）」と呼ばれていましたが
すでに一般化。その先の次々世代、さらには超低価格のナノポア式なども出ています。
しかし、膨大に吐き出されるDNAのデータが、処理しきれない問題が発生。。
コンピュータやサーバもスゴイ勢いで進化していますが、
それを扱う科学者「バイオインフォマティスト」と呼ばれる、
生物の研究をしているんだけど、やっている事はコンピュータでのデータ処理。
というタイプの科学者が圧倒的に不足している。。。
元々、NGSは高度で特殊な機器だったので、
白衣をきて細胞を扱う科学者と、コンピュータを扱うIT系の人が
セットで運用する様な装置だったのです。。
低価格化と汎用化で、誰もが「やってみたい」と購入したものの、データが扱いきれない・・
この問題の解決について、以前「ナノポア用PC」を記事にしたアメリエフ社に聞いてみたところ
解決方法は2つ。
１）コンピュータの勉強をする
２）データ処理は外注でプロにお願いする
どちらも、対応できるとの事。
１）バイオインフォマティクストレーニング
NGSデータ解析のプロの方に、教えてもらうコース。
そもそもNGSデータ処理は、Linuxを使うのが一般的なため、
まずは、「Linux入門」からスタート
そして「R入門」
一昔前、コンピュータのプログラム言語といえば「C言語」でしたが、時代は「R言語」。
特に統計処理に向いているという「R」も教えてもらえます。
その先は、各自の実験に向いた解析方法のトレーニング。
・ゲノム上の変異を検出し、サンプル缶の遺伝子系の比較解析ができる
「Reseqの基礎」
・発現量推定や新規の転写産物の推定など、発現定量を学ぶ「RNA-seq」
・タンパク質の結合部位やヒストン修飾部位を検出し、de novoモチーフ検索をする「ChIP-seq」
など、より具体的に現場に即したデータ解析手法を教えてくれるそうです。
いくら丁寧に教えてもらえるとはいえ、
そんな時間ない！という研究者は、（２）の外注がオススメ。
特に病院系では、DNA解析データを生で出されてもお医者さんは困るので、
どんな遺伝子があり、どんな病気で、、、など
具体的に治療方針を検討する事の出来るところまで解析が必要。
これは専門家にに任せた方が良さそうです！
これらの2つのサービス、同じ会社でやられているので、